高壓均質機的常見故障可以分為工藝和機械兩個方面，機械方面的故障，主要是電機、傳動兩部分，（軸承）曲軸連桿和滑塊等方面的故障可以通過設備的定期保養維修來解決，工藝方面的故障克發生在以下幾個方面：
1.流量不足，壓力達不到工藝要求
這類故障發生得較多，也是鑒定均質機較重要的指標之一。由于均質、加工質量等方面的因素，處于料液高速沖刷的閥門，特別是安全閥、均質閥的密合面，由于料液高速沖擊磨蝕產生明顯的溝槽；柱塞則由于長時間工作的嚴重磨損，使料液的流經通道加大，大量料液回流到低壓泵腔，使均質或升壓的能力大大降低。在這種情況下，必須對磨損部件進行修復或更換；此外，安全閥或均質閥（帶安全閥時）的調整不當，彈簧壓力不夠也可能導致上述故障的發生。此時，只須對設備進行適當的調整就可恢復設備的生產特性。
2.壓力表指針跳動嚴重
主要是泵腔內有空氣殘留，空氣的壓縮、膨脹使壓力指針嚴重跳動。少量的空氣可以在料液流動時被夾帶出去，泵體密封嚴重泄漏，使泵腔內的料液中混有大量的空氣。此外，充液量（傳遞壓力的媒介，例如食用油）的不夠或滲漏，也會導致壓力表指針嚴重跳動。
3.密封圈損壞
處于高溫和壓力周期性變化條件下的柱塞密封圈經常發生損壞，因此，首先必須確保柱塞冷卻水的連續供應，還要隨時修復更換柱塞密封圈。同時，柱塞伸入曲軸箱內的密封損壞則會由于冷卻水的進入而導致潤滑不良，嚴重的還使曲軸連桿滑塊發生損壞。
