使用制藥均質機需要注意以下問題：
先接通電源，電源相符，并注意地線可靠接地，打開總電源開關，電源指示燈亮。電機接線后或長期不用重新起用時都應點動試轉，乳化缸轉向為從上往下看為逆轉。調試時應先點動攪拌試轉，確認無誤時再讓均質器運轉。正確接通均質鍋各管道(包括各溢水口、放水口和排污口等)。
其次，制藥均質機抽真空工作前一定要檢查鍋是否與鍋蓋平貼，鍋口、料口蓋等是否蓋嚴，密封可靠。關閉鍋蓋上各閥接口，然后打開鍋蓋上的真空閥門，再開啟真空泵抽真空，達到要求后關閉真空泵，同時關真空閥門。
均質切削、刮板攪拌：加料后(制藥均質機調試時，可用水代替)再分別打開對應的控制開關控制均質器的運轉以及刮板攪拌的運轉。乳化啟動前也應點動，檢查攪拌刮壁是否有異常，如有應即刻排除。
然后真空泵在均質鍋密封狀況下方可啟動運轉。如有特殊需要敞通大氣啟動泵，運轉不能過3分鐘。真空泵嚴禁無工作液運轉。泵運行時嚴禁堵塞排氣口。定期檢查制藥均質機各部件及軸承內的潤滑油及油脂，及時更換干凈的潤滑油及油脂。
保持設備的清潔。每次要停止使用或更換物料時都應清洗均質器的與工作液接觸部分，特別是其頭部的切割輪切割套、均質軸套內的滑動軸承及軸套。清洗重新組裝后手轉葉輪應無卡滯現象，鍋體與鍋蓋兩法蘭相對固定后點動均質器電機轉向正確，無其他異常，方可啟動運轉。
